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醫院污水處理的下一個步驟是進行物理處理：物理處理能將污水中的有機污染物只含有百分之10以下，使廢水中的懸浮物的含有量能達到百分之5以下，這樣就能使污水的有機物達到排放標準，進行醫院廢水處理的物理處理主要就是使廢水氧化然后使之無害。由于調節池內有水泵，一般的生活污水在通過化糞池后就會到達調節池，污水經過調節池后，就會進行生物處理。這樣就可以對廢水進行消菌，有利于后續的排放。
對于調節池、生化池、接觸池產生的垃圾以及污然后對于污水和污泥，醫院污水處理需要加入石灰石的方法，進行集中消菌處理，之后就是焚燒這些廢水和污泥，使用物理處理為重要的就是要收集醫院產生的含有病菌的廢水，然后就是預先單消菌廢水，之后通過下水道進入化糞池進行處理。生活的污水就是直接進入調節池進行處理。
醫院污水處理的這些工藝都是在密閉的環境中進行。使用物理處理的手段進行醫院廢水處理較大的好處就是能好過濾廢水中有毒有害物質的含量，大大提升了廢水處理的效率。

二沉池出水要經過消毒池加氯消毒處理方可達標排放。此時吸附在納米顆粒表面的溶解氧俘獲電子形成超氧負離子，而空穴將吸附在催化劑表面的氫氧根離子和水氧化成氫氧自由基。而超氧負離子和氫氧自由基具有很強的氧化性，能將絕大多數的有機物氧化至終產物和，甚至對一些無機物也能徹底分解。消毒氧化池由于本項目污水為檢測過程中產生的廢水，污水中含有一定量的致微生物，本方案通過設置氧化池并加入臭氧殺滅水中的原微生物。

進水工序
　　進水工序是反應池接納污水的過程。在污水流入開始之前是前個周期的排水或待機狀態，因此反應池內剩有高濃度的活性污泥混合液。這相當于傳統活性污泥法中污泥回流的作用，此時反應池內的水位。在進水時間內或者說在到達水位之前，反應池的排水系統一直處于關閉狀態。
　　一般間斷的來水通常采用一個反應器即可滿足需要，但若是連續來水，如 24 小時生產的工廠廢水，幾乎是連續排放的，那么一個反應池就處理不了全部污水，這樣處理系統就需要多個反應池來組成。這種連續進水的 SBR 系統，稱為連續時進水間歇式活性污泥法(CFIO)。
　　由于進水工序僅僅流入污水，不排放處理水，反應池起到了調節池作用，因此不像連續進水連續出水的傳統活性污泥法易受負荷變動的影響，在 SBR 法運行中，即使有水量與水質的變化，對處理水質也沒有多大的影響。

農藥品種繁多，農藥廢水水質復雜.其主要特點是(1)污染物濃度較高，化學需氧量(COD)可達每升數萬mg：(2)毒性大，廢水中除含有農藥和中間體外，還含有酚、、汞等有毒物質以及許多生物難以降解的物質：(3)有惡臭，對人的呼吸道和粘膜有性：(4)水質、水量不穩定。
根據工藝要求，對污水提升等系統中的主要環節可進行集中控制及現場控制，污水池內的水位采用浮球開關或自動傳感器等傳遞信號，以達到液位自動控制的目的。
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