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醫院污水處理先就是進行消菌處理：處理一些醫院的綜合污水可以通過混凝沉淀的方法，進行預處理，這樣就可以把污水攜帶的病菌的顆粒物去除掉，再然后就是強化消菌處理，這樣操作不僅能降低消菌劑的用量，而且能夠提高消菌效果，從而避免由于使用了過量消菌劑，而污染了周圍環境。
自動格柵也會設置在醫院污水處理系統前部，經過了化糞池后，醫院的污水會再進入調節池，而調節池污水提升沉淀之后會流入接觸池再次進行消菌處理，這樣操作以后，污水就能直接達到排放標準。污水處理消菌系會集中地消菌處理污水處理站產生的污水，然后運送出去。進行消菌處理不僅可以去除污水中攜帶病菌的顆粒物，消菌處理的效果也會相當高，這就減少了了投用，對于二級處理很有好處。

對含水的低濃度廢液，用與水不相混合的正己烷之類揮發性溶劑進行萃取，分離出溶劑層后，把它進行焚燒。再用吹入空氣的方法，將水層中的溶劑吹出。

厭氧水解池采用上升流式厭氧污泥床反應器的形式，設計水力停留時間為2~4小時。厭氧池下部為污泥床區，污泥床厚度通常控制在1~1.2M之間，進水系統可采用脈沖進水中阻力布水系統，底部設布水溝，保留污泥不沉積底部，呈懸浮狀態。

一般偏堿性含汞廢水通常采用化學凝聚法或硫化物沉淀法處理。偏酸性的含汞廢水可用金屬還原法處理。低濃度的含汞廢水可用活性炭吸附法、化學凝聚法或活性污泥法處理，有機汞廢水較難處理，通常先將有機汞氧化為無機汞，而后進行處理。
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